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Es gibt verschiedene Gründe für das was du beschreibst. Manche Hunde leiden unter sogenannter Kehlkopflähmung, und bekommen häufig dann Probleme, wenn sie aufgeregt sind oder sich viel bewegen. Die Kehlkopflähmung kann ganz gut mit Medikamenten oder - im späteren Verlauf - mittels operativen Eingriffs behandelt werden.
Dann gibt es da noch die kurznasigen Hunderassen - Mops, franz. Bulldogge, ... die oft unter einem zu langen Gaumensegel leiden, auch das wird operativ behandelt.
Oder dein Hund "niest rückwärts", die Ursachen hierfür können sehr unterschiedlich sein. Fängt ein Hund sehr plötzlich damit an obwohl er Jahre vorher nie Probleme damit hatte, sollte man nach einer Ursache forschen (Halsentzündung oder ggf. schlimmeres).
Viele Hunde haben das aber schon mehr oder weniger ihr Leben lang, bekommen das immer mal wieder und es bereitet keinerlei echte Probleme. Sanfte Halsmassage oder kurzzeitiges Nasenzuhalten hilft ihnen, schneller aus dem Rückwärtsniesen rauszukommen (meine Hündin ist eine von denen, die das schon immer hatte und ab und zu bekommt - bevorzugt nachts um einen damit aus dem Tiefschlaf zu holen :FOU: )
Hier ein Video davon, wie dieses Rückwärtsniesen aussieht/sich anhört:
http://www.youtube.com/watch?v=1UyBrb0Hhpk