Es kommt drauf an wie sie geflirtet hat.
Wenn es sehr direkt war und sie ihm schon offensichtlich eine Beziehung "in Aussicht" gestellt hat, sollte sie ihm ihre Situation einfach nochmal in einer ruhigen Minute erklären und ihn um sein Verständnis bitten. Wusste er nicht, dass sie noch in einer Beziehung ist? In diesem Fall ist dann vielleicht auch eine Entschuldigung angebracht.
Andernfalls würde ich einfach nichts weiter sagen. Ich bin auch in einer festen Beziehung und flirte trotzdem gelegentlich mit anderen. Aber dafür entschuldige ich mich doch nicht? Schließlich geht es da ja auch nur um Spaß, den ja beide haben und man "verspricht" nicht automatisch etwas.