Also, zum Verständnis:
Die Schilddrüsenunterfunktion beinhaltet ja eine Störung des Körperhormonhaushalts.
Dementsprechend kann das Auswirkungen auf viele Bereiche des Körpers (bzw. dessen Funktionen) haben.
Zyklusstörungen können also daher kommen. (kann aber natürlich auch ne andere Ursache haben - müsste man noch ergründen)
Deine Therapie in Form von Tabletten muss jetzt erstmal schleichend an die für dich notwendige Dosis angepasst werden. Das geht nicht von heut auf morgen (bei mir hat es ca. 1 Jahr gedauert).
Lass dir das vom Arzt alles nochmal erklären.
Unabhängig davon würd ich mich an deiner Stelle mal beim Gyn durchchecken lassen.